La década del 90 irrumpía con la globalización económica, el fervor por la nueva Constituyente colombiana, la penetración masiva de los medios electrónicos en todo el orbe, y la segunda participación de la selección Colombia en un mundial. En cuanto al rentado nacional, el campeonato reiniciaba labores después del in suceso y la interrupción del torneo del 89 tras el hecho trágico del árbitro interfecto Álvaro Ortega.
Millos ostentaba el rótulo de campeón gracias a su estrella obtenida en el 88, se encontraba en dificultades económicas y los refuerzos serían pocos. Mientras por un lado la continuidad ratificaba al "chiqui" García como técnico, por el otro la salida de un gran arquero, Sergio Goycochea, sumada a la de otros baluartes, Carlos Enrique la "gambeta" Estrada y Eduardo Pimentel, obligaban a recomponer el equipo prontamente. Así, de la cantera emergerían Oscar Cortes, Bonner Mosquera, Harold Morales, Freddy León, y se incorporarían, Carlos Araujo del Junior, y Enrique Breydi.
El rentado se dividía en pentagonales de acuerdo a la distribución geográfica de los equipos, el conjunto albiazul ocuparía el segundo lugar del pentagonal y el primero del triangular, disputado con Junior y Cali.
Para el Finalización retornarían Mario Vanemerack, y se les diría adiós a Rubén Darío Hernández y a Germán Gutiérrez de Piñerez. La campaña no pudo ser peor, el cuadro albiazul resultó décimo y por supuesto, fuera de la gran final.
Para el 91 sale de la institución el "chiqui" García, dejándole dos estrellas a los azules. En su reemplazo retorna Eduardo Julián Retat, se incorporaran Oscar Córdoba, un arquero que, a la postre, haría historia en el fútbol nacional, el argentino Jorge Ramoa, y de las inferiores sube el bogotano Juan Carlos Niño. En el primer pentagonal Millos queda segundo, y en el triangular ocupa la misma posición enfrentando a Junior y Caldas, para en la reclasificación sumar el mayor número de puntos, obteniendo el primer lugar en el Apertura.
En el Finalización abandona la camiseta azul Mario Vanemerack y ficha el delantero Juan Jairo Galeano. Milllonarios ocupa el quinto puesto, entra al cuadrangular A, y queda eliminado de la gran final, mostrando altibajos a lo largo de su campaña. Lo más destacable, los goles de Iguarán y el "pájaro" Juárez, con 14 tantos cada uno.
Jorge Ramoa
Ricardo Lunari
Llegado el 92, la junta directiva decide prescindir de Retat y contrata como técnico al bogotano Moisés Pachón, los refuerzos serían Ariel Cuffaro Russo y Jorge Manuel Díaz, argentinos, el uruguayo Peter Méndez, los colombianos Henry Otero, Rubén Darío Yépez, y un jugador de sello azul, Ricardo el "gato" Pérez.
La novedad sería el ingreso del Envigado fútbol Club al campeonato, y el torneo pues, se dividiría en dos grupos respectivamente. Las derrotas en las primeras fechas, y el desastroso resultado atípico del 7-3 en el clásico ante Santa fe, fueron la causa principal para la salida de Moisés Pachón como entrenador del club.
Asume entonces, Miguel Augusto el "nano" Prince, ex jugador del plantel, quien obtiene el cuarto lugar en el torneo Apertura, logrando una ostensible mejoría en el rendimiento del equipo. Para el Finalización se promueven a Osman López y John Mario Ramírez, y arriba el caleño Jairo Ampudia.
El cuarto es el lugar de identificación ya que una vez más se obtiene ese puesto en el torneo, pero así mismo logra afianzarse defensivamente y su arco es el menos vencido con 27 goles solamente En los cuadrangulares termina último quedándose nuevamente por fuera de la gran final.
Los albores del 93 traían una ruda crisis económica, razón que obligaba a la austeridad en las modificaciones. El "nano" Prince continuaba ratificado como técnico, salía Oscar Cordoba, y retornaban Hugo Galeano y Arnoldo Iguarán. Se ponían la camiseta azul un nacido de Galapa, Atlántico, que tenía un chanfle fenomenal, Edisón Domínguez, y un jugador con pinta de cavernícola pero que imprimía temperamento en la defensa, Orlando el "salvaje" Rojas. Millos por primera vez, enfrenta el Apertura con una nómina completamente colombiana, su puesto, otra vez sería el cuarto.
En el segundo torneo la junta directiva mantiene la nómina y fichan para el club un brasileño de renombre pero que ofreció muy poco al conjunto, José Ferreira Neto, y un chileno, Cristian Torres. El equipo no tuvo un óptimo nivel y queda quinto en el Finalización, alcanza a agarrar el cuadrangular, pero su rendimiento no fue el mejor, resultando tercero y eliminado de la final.
El campeonato del 94 trae como novedad la contratación del yugoslavo Vladimir Popovic como técnico, campeón con el Estrella Roja de Belgrado, y subcampeón con el brillante Cali del "pibe" Valderrama. Los refuerzos para la temporada serían Orlando el "pony" Maturana, delantero de gran habilidad, Flaminio Rivas, uno de los mejores laterales derechos que ha tenido Millonarios, Armando Osma, bumangués, Harold Morales y Osmán López, ascendidos anteriormente en el equipo de primera división.
En el Apertura termina primero en el grupo A, y obtiene una bonificación de 0,75 detrás de Nacional, que obtendría la mayor bonificación. Para el Finalización Millonarios cuenta con los servicios de los bogotanos Raúl Ramírez Gacha, y John Mario Ramírez, jugador de grandes condiciones que debió llegar más lejos en el fútbol, el plantel se ubicó segundo y ganó 0,75 de bonificación, sumando un total de 1,50 para enfrentar los cuadrangulares finales, la lucha la disputó con Nacional, América y Medellín, resultando subcampeón y obteniendo el tan anhelado cupo a Copa. En el certamen internacional se destacaron Bonner Mosquera, Carlos Rendón, y Edison Domínguez, sin descontar la ofensividad que manifestó el equipo aparte del trabajo de todos sus gregarios, desde el arquero Eddy Villarraga hasta Arnoldo Iguarán.
1.995 traería modificaciones en el campeonato, se jugaría a la par del calendario europeo, de septiembre a junio de cada año, pero para efectos del calendario, el primer torneo sería de nivelación y saldría un campeón, que sería el Junior, se vestirían de azul Jorge el "polilla" Da Silva, el arquero argentino Fabián Cancelarich, y se promocionaría de las divisiones inferiores a Leiner Orejuela, espigado defensa.
En la Copa Libertadores hace una buena campaña el equipo, ganando sus partidos de local ante Universidad Católica y Universidad de Chile, y al doblegar al Atlético Nacional de Medellín, termina primero de su grupo. En la segunda ronda enfrenta al Alianza Lima del Perú, partido en el que salió triunfante como local y empatando como visitante; posteriormente rivaliza con Nacional, igualando en Bogotá y cayendo en Medellín, lo que a la postre otorgó el cupo a semifinal al cuadro antioqueño.
Comenzaba el campeonato 95/96 dividido en dos torneos, el Copa Mustang I, que iba desde agosto hasta diciembre, y el Finalización, que abarcaba desde enero a mayo, para concluir en los cuadrangulares finales. Popovic sigue como técnico y se despiden del equipo Jorge el "polilla" Da Silva, Carlos Álvarez, defensa de buena labor con el conjunto, y es contratado el delantero Héctor Valoyes.
La campaña en el primer torneo es irregular, agria, desnivelada, el técnico Popovic abandona la dirección técnica en diciembre por problemas familiares, la institución decide reenganchar a Miguel Augusto el "nano" Prince, y la misión sería difícil, ya que el club cumpliría sus primeros cincuenta años, y no se le podía salir con un chorro de babas a la hinchada, con tal motivo la junta contrataría al último ídolo que tuvo Millonarios en materia de volantes, al chileno Ricardo Lunari, jugador de fútbol inteligente, que distribuía y generaba juego ofensivo cuando tenía la pelota en sus pies. También arribaron el delantero brasileño Marcio Rodríguez Cruz, y al antioqueño Guillermo Castrillón.
Los embajadores se hacen inexpugnables como locales pero débiles como visitantes, lo que los lleva a una línea de rendimiento intermitente, que por poco los deja por fuera de los cuadrangulares finales.
Sin embargo como todo equipo grande, en mentado certamen impuso la casta y jerarquía y contra todo pronóstico clasificó en el primer cuadrangular, para enfrentar al Nacional, América y Cali en el cuadrangular final.
Una dupla de lujo, que brindó espectáculo y por momentos, lirismo futbolístico, la conformada por John Mario Ramírez y Ricardo Lunari, los explosivos goles de Marcio Cruz, el temperamento de Bonner Mosquera, los 19 tantos de Alex Daza, los mejores laterales del país en su momento, Flaminio Rivas y Edisón Domínguez, la estrella fue para el Cali, pero Millos jugó tan bien ese cuadrangular que no obstante, haber resultado segundo, la hinchada lo recibió como un campeón en el aeropuerto el 'Dorado', tras su victoria frente al Nacional en territorio paisa.
Destacable la labor de todos los jugadores y el técnico quienes no defraudaron ni al aniversario del club ni a su afición, convirtiendo éste subcampeonato en uno de los más alegres que la familia azul haya vivido.
Sin embargo no todo sería color de rosa para los azules, pues el Millos de Prince sucumbiría en el segundo semestre y terminaría hundido en el puesto 15 de la Reclasificación.
Para 1997, Diego Edison Umaña se incorporaba para tomar las riendas del Ballet Azul. En una notable campaña finalizó segundo en el Adecuación detrás del ðeportivo Cali. Va adisputar las semifinales pero pierde el derecho a disputar la gran final por menor diferencia de gol con el Atlético Bucaramanga. Para ese rentado la Dimayor dispuso, que los empates siempre se definirían por penaltis y al ganador se le otorgaría un punto más.
Sin siquiera decir adios Umaña abandonó el plantel y en torno a múltiples especulaciones, asumió el ex-técnico de la Selección Colombia, Francisco Maturana, quien tan sólo cumpliría siete fechas como estratega y ya se retiraba dejando atrás una pobre campaña y la apatía de la Prensa.
El profesor que había llevado a Millonarios a conquistar el subcampeonato del 84, Jorge Luis Pinto, regresaba en 1998 pero tampoco lograría los resultados esperados, o por lo menos de manera regular, y cerraría octavo el Apertura y noveno el Finalización. Milagrosamente se introdujo en las semifinales y terminó eliminado detrás de Cali, Nacional y América.
En 1999 vuelve Luis Augusto García y el equipo vence un record de fechas como invicto. Termina primero el Finalización y en disputa de las finales, es sorprendido por el Independiente Medellín que le quita la opción de jugar la Final.
EDWING YESSID CARO MARQUEZ 
